Eine mysteriöse Wolke nähert sich der Erde und zerstört alles, was sich ihr in den Weg stellt. Admiral Kirk (William Shatner) entreißt Willard Decker (Stephen Collins), dem Captain der soeben renovierten Enterprise, das Kommando, und eilt - zusammen mit seiner wieder zusammengefügten alten Crew - dem todbringenden Gebilde entgegen. Er stellt fest, dass sich unter der Wolke eine komplexe Maschine verbirgt, und wagt sich mit ein paar Getreuen hinein, um ihr Geheimnis zu lüften.

10 Jahre nach dem Ende der Serie Raumschiff Enterprise kehrt die gesamte Besetzung auf eine neu ausgestattete Enterprise zurück, um für 44 Mio. US-Dollar ein Kinoabenteuer mit hervorragenden Spezialeffekten auf die Großleinwand zu bannen. Auch die nicht gedrehte Star Trek 2 - Serie erblickte durch ihn das Tageslicht: Das Autorenteam, das das Drehbuch für "Star Trek - Der Film" schrieb, entnahm den Stoff des Kinofilms dem Drehbuch des Pilotfilms der Star Trek 2 - TV Serie. Ironischerweise hatten sowohl Persis Khambatta, die Lt. Illia spielt, als auch Stephen Collins, der Decker verkörpert, auf der Besetzungsliste für die nie fertiggestellte Fernsehserie gestanden und wurden in den Film übernommen, der dann angeblich 80 Mio. US-Dollar einspielte.

In diesem Film erleben wir die Klingonen in einer völlig neuen Aufmachung als in der Originalserie, die sie auch allen Nachfolgerserien und -filmen beibehalten sollen.